1．办公室。组织协调局机关工作，负责文秘、政务信息、督办、提案建议办理、行风政风、档案、机要、政务值班、接待工作。承担目标绩效管理、政务公开、保密等工作。组织起草局重要报告、综合性文件，承担有关重要会议的组织工作。牵头负责局机关办公自动化和网络管理相关工作。负责机关行政后勤管理的协调工作。负责交通运输行业的新闻宣传、网络舆情处置等工作。

2．政策法规科（信访科）。组织开展交通运输行业重大政策的研究。指导交通运输行业体制改革工作，统筹协调局制度建设相关工作。承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导。承担行政执法监督、行政应诉和规范性文件审核备案工作。指导交通运输法制宣传教育工作。负责交通运输行政执法装备标准规范化建设并监督实施，管理交通执法证件和装备。负责全市交通运输综合执法的统筹协调和监督指导。监督实施交通运输综合执法工作标准。承担交通运输综合执法队伍的业务指导工作。统筹负责信用体系建设工作。负责接待、处理群众来信来访，督查督办信访案件，协调处理群体性上访事件。指导、协调县（市、区）交通运输部门信访工作。指导局属单位社会治安综合治理和维稳相关工作。指导全市交通运输行业审计工作，组织开展交通运输行业涉及有关审计工作并监督实施。依法监督本部门及局属单位的财务收支及其他经济活动。承担局属单位主要负责人的任期经济责任审计。

3．综合规划科。会同有关部门组织编制综合交通运输体系规划，研究拟订公路和水路行业发展战略、投融资政策，组织拟订公路、水路和运输枢纽等行业发展规划、中长期规划、年度计划并监督实施。统筹全市公路、水路重点建设项目的前期工作和后期评价工作。承担地方交通建设项目审查工作。承担公路和水路行业的统计及预测工作。指导交通运输行业特许经营管理工作。指导交通运输行业招商引资、利用国际金融组织及外国政府贷款工作。参与境内外交通经济技术合作与交流。承担交通运输有关外事工作。

4．工程建设管理科（市交通工程建设招投标管理办公室）。负责贯彻落实交通运输行业工程建设政策、制度和技术标准。监督、指导全市公路、水路建设项目实施和质量安全，维护公路、水路建设市场秩序。承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价工作。承担普通国省干线公路、水路建设工程项目设计文件审查、施工许可审查、竣工验收、工程科技档案管理等工作。负责交通建设工程项目的招标投标活动行政监督的行业管理。监督普通国省干线公路、水路建设工程项目建设管理工作。统筹协调全市公路、水路建设项目保障农民工工资支付相关工作。

5．养护管理科。贯彻执行国家和省普通公路管理工作的方针政策和法律、法规、规章。监督实施全市公路养护管理和路网运行的技术标准、制度规范。统筹协调全市公路养护、路网运行和保通保畅等应急处置相关工作。负责全市公路养护市场监管。监督、指导全市普通公路养护及农村公路建设项目实施。组织公路养护工程项目和农村公路建设项目的设计文件审查（审批）和竣工验收。指导全市公路路政管理工作。监督、指导航道和港口养护管理工作。承担乡村振兴涉及交通相关工作。

6．交通运输管理科（市大件运输管理办公室）。贯彻执行国家和省有关交通运输工作的方针政策和法律、法规、规章。参与拟订物流业发展战略和规划，组织拟订全市综合运输发展规划、措施并组织实施，承担综合运输体系建设有关协调工作。组织拟订全市公路、水路运输及城市客运行业道路运输发展规划、中长期计划并监督实施。负责公路、水路运输行业监督管理，指导城市公共交通运输行业监管工作。组织协调、检查督促重点和大件运输、紧急客货运输及公路、水路联合运输。编制全市大件运输的方案、预案，参与有关大件运输的保障工作。承担公路、水路等运输业经济运行分析，会同有关部门制定运输价格。指导客运场站项目建设。指导道路和水路运输经营资质管理工作。统筹负责水路交通运输市场的监督管理工作。统筹负责船员、船舶登记、船舶检验（含渔业船舶）的监督管理和行业指导工作。

7．交通安全监督管理科（应急管理办公室）。监督指导公路、水路行业安全生产工作，按规定负责交通运输应急管理工作。组织拟订公路、水路安全生产政策和综合性安全生产、应急管理的相关制度并监督实施。指导交通运输行业应急处置体系建设，统筹协调应急处置相关工作。组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作。依法组织或参与有关事故调查处理工作。

8．科技和信息化科。组织拟订全市交通运输行业科技和信息化发展规划、政策、制度并监督实施。组织实施交通行业科技项目、科技合作和技术交流，组织科技成果鉴定和新技术、新材料、新工艺、新设备的推广应用工作。承担交通运输行业有关标准、计量工作。指导行业信息化管理、智慧交通、绿色交通建设等工作。指导行业节能减排及环保工作。

9．行政审批科。负责指导、监督交通运输系统行政审批制度改革工作。集中承担交通建设、公路管理、航务海事、道路运输等行政审批事项的受理和审批工作。组织协调相关事项的勘查、论证、审核等工作，发放行政许可证。承担本部门行政权力事项的清理和纳入电子政务大厅平台工作，推进行政权力依法规范公开运行。统筹负责“放管服”及优化营商环境相关工作。

10．财务科。组织拟定交通运输行业财务会计管理制度，编制交通运输行业年度预决算。负责局机关会计核算及财务管理工作，指导和监督全市交通行业会计核算、财务管理工作。承担交通专项资金的筹资、监督、管理和外汇、信贷及利用外资的财务管理工作。承担局机关及局属单位的财务收支预、决算管理工作。受委托监督管理交通系统国有资产和交通基础设施国有资产。承担除通行费外的行政事业性收费管理工作。统筹指导局系统政府采购管理工作。

直属机关党委（人事科）。负责局机关和所属单位的党群工作。承担局机关和局属单位机构编制、人事管理、劳动工资、社会保险、教育培训工作。指导行业人才队伍建设、智力引进、专业技术等级的培训考核、劳动保护及职业病防治工作。管理交通运输行业职业资格、专业技术职称评审和聘用工作。负责局机关及局系统离退休人员管理工作。负责局党组运行日常工作及党风廉政建设教育、监督、管理工作。承担交通运输行业精神文明建设、意识形态、文化建设相关工作。

乐山市交通战备办公室（市保护通信线路安全办公室）。负责编制全市交通战备、通信线路保护的方案、预案，制定有关实施意见和措施，规划全市国防交通网路布局，对市内交通建设提出有关国防要求的建议；参与有关交通工程设施的勘测、设计、鉴（审）定和竣工验收，监督检查和协助组织国防要求的贯彻落实；拟订国防交通保障计划，组织国防交通专业保障队伍，平时担负抢险救灾等突发事件的交通保障任务；负责全市的国防运力动员和运力征用，制订和实施全市国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；组织全市国防交通科学技术研究及其成果的推广、应用，负责全市保护通信线路安全工作的组织、协调、检查督促工作，参与有关保护通信线路安全的综合治理保障工作；指导、检查、监督全市铁路、交通、邮电、民航等部门及各县（市、区）的国防交通工作。

乐山市岷江港航电建设管理办公室（乐山市水运项目建设管理办公室）。负责岷江港航电综合开发项目的规划、预可研究、工可等前期工作，协调有关征地拆迁、建设、安全、营运管理等方面的工作。

乐山市高速公路建设管理办公室。负责高速公路建设项目的规划、预可研究、工可等前期工作，协调有关征地拆迁、建设、安全、营运管理等方面的工作。

乐山市地方公路重点工程建设管理办公室（乐山市普通公路项目建设管理办公室）。负责全市国省干线公路、桥梁和重要县道公路、桥梁工程建设项目的规划、预可研究、工可等前期工作，协调有关征地、建设、安全等管理工作。